26 (14 по старому стилю) сентября 1869 г. в Севастополе по инициативе непосредственных участников 349-дневной обороны Севастополя и при покровительстве императора Александра II состоялось открытие одного из старейших музеев России – музей Севастопольской обороны, ставший впоследствии Музеем Черноморского флота России Для организации музея в Санкт-Петербурге был создан Особый комитет под председательством Э. И. Тотлебена (одного из руководителей Севастопольской обороны), а в Севастополе – местная комиссия во главе с вице-адмиралом П. И. Кислинским. Экспонаты для музея добровольно собирались из частных коллекций. Экспозиция музея Севастопольской обороны расположилась в доме Тотлебена. Здесь были собраны личные вещи участников обороны, фотографии, рукописи воспоминаний, документы, образцы оружия, картины Айвазовского, Маковского и Рубо, знаменитые рисунки В. Тимма. В музей Черноморского флота была также передана сабля турецкого командующего Осман-паши, подзорная труба адмирала Нахимова, награды М. П. Лазарева. 1 декабря 1869 года российский император Александр II издал указ о передаче «на всегдашние времена» севастопольскому музею имения в деревне Эмир Таврической губернии Бердянского уезда площадью 1936 десятин. Это давало музею дальнейшее финансовое обеспечение. При музее в 1874 г. были построены школа на 40 учеников (преобразованная затем в ремесленное училище), приют для инвалидов, школа соломоплетения для девочек и Ксениинская церковно-приходская школа на 300 учащихся. Патроном музея и находившихся в его ведении благотворительных учреждений стал великий князь Александр Михайлович. В 1895 г. было закончено строительство специального здания по проекту архитектора А. М. Кочетова. Новый музей был построен в строгом классическом стиле, по его сторонам расположены чугунные арматуры, стилизованные под носовые и кормовые части старинных кораблей, а также пушки. На главном фасаде здания расположен «севастопольский знак» — крест и памятное число 349 (по количеству дней обороны Севастополя). Все бронзовые фигуры и украшения, лепные работы внутри здания были выполнены по проекту одесского скульптора Б. В. Эдуардса. По каталогу 1913 г. в музее насчитывалось свыше 2 тыс. ценнейших реликвий, особенно много экспонатов поступило в 1905 г., когда отмечалось 50-летие обороны Севастополя. После Октябрьской революции были открыты новые отделы, посвящённые революционным событиям 1905–1917 гг. В 1940 г. учреждение было переименовано в Военно-исторический музей Черноморского флота. После начала Великой Отечественной войны часть наиболее ценных экспонатов была эвакуирована в Баку, затем в Ульяновск. Здание музея было частично разрушено, поэтому оставшуюся часть экспозиции переместили в здание Севастопольской картинной галереи. После освобождения Севастополя от оккупации здание было восстановлено, и 15 августа 1948 г. музей возобновил выставочную деятельность. Позже были добавлены экспозиции посвящённые героической обороне Севастополя в Великой Отечественной войне и послевоенному развитию Черноморского флота. С 31 декабря 2020 г. Музей Черноморского флота является филиалом Центрального военно-морского музея имени императора Петра Великого, расположенного в Санкт-Петербурге.